ou GPMM depuis 2008, naguère Port autonome de Marseille ou PAM, est un établissement public de l’État français et dont le territoire s’étend du Vieux Port de Marseille, à l’est, à Port-Saint-Louis-du-Rhône à l’ouest. Il comprend à l’est le port de la Joliette, aménagé dans les années 1850 et 1860 à l’abri de la longue digue du Large. Le port de la Joliette a été réaménagé dans les années 1930 par le creusement de trois darses obliques, en 1995-1996 par la création de nouveaux terminaux pour voyageurs et pour croisières. Très tôt, il avait été prolongé vers le nord par les bassins du Lazaret et d’Arenc, qui ont reçu autour de 1960 des formes de radoub, et en 1975 la très grande forme qui peut accueillir des navires de 600 000 t, faisant de Marseille le premier port français de réparation navale. En 1995-1996, ces extensions ont également reçu le terminal de conteneurs de Mourepiane et le terminal pour fruits et légumes du Cap Janet près de la Calade (240 000 t/an). De nouveaux aménagements sont apportés depuis 2000, avec la rénovation et la réaffectation de docks, hangars et silos dans le cadre de l’opération Euroméditerranée, et l’ouverture en 2003 d’un nouveau terminal pour navires de croisière géants. Dans le prolongement nord-ouest du port au-delà du terminal de conteneurs de Mourepiane et des grandes formes de radoub, ont été aménagés le port de pêche de Saumaty et les ports de plaisance de l’Estaque; plus loin, le port de la Lave est au débouché du tunnel du Rove, qui reste fermé depuis l’éboulement de 1963. L’extension du port vers l’étang de Berre et Fos date des débuts du 20^e siècle: l’entrée de l’étang a été placée sous l’autorité du port de Marseille dès 1919 et, en 1927, s’ouvraient à la fois le tunnel maritime du Rove et le premier port pétrolier de Port-de-Bouc. En 1950 était aménagé le nouveau port pétrolier de Lavéra (Martigues), en 1962 celui de Fos pour l’oléoduc sud-européen vers Lyon, le Rhin et l’Allemagne. La loi sur les ports autonomes (1965) facilita l’extension des travaux vers l’ouest et la mise en place de la grande opération d’aménagement industriel du golfe de Fos. En 1996 une plate-forme d’échange maritime et fluviale fut installée à Port-Saint-Louis-du-Rhône (les Tellines), parachevant l’extension géographique du périmètre du port autonome. Les principaux travaux en cours portent sur les développements des installations logistiques à l’ouest de Fos (port de conteneurs), et les compléments à l’occupation des terre-pleins de Fos. À l’opposé vers l’est, le Vieux Port a été réservé à la navigation de plaisance et aux quelques bateaux de pêche, tandis qu’un tunnel routier était creusé de 1964 à 1967 sous l’entrée du Vieux Port, qui eut jadis un pont transbordeur; celui-ci servit de 1905 aux années 1930 et fut dynamité en 1944-1945.

Le port autonome dans son ensemble est le premier des ports français et le 4^e d’Europe par le tonnage, avec 80 millions de tonnes par an, 1 500 000 EVP de conteneurs, 2,8 millions de passagers (dont 1,6 de croisiéristes). Le port accueille le siège de la grande compagnie maritime CMA-CGM; celle-ci est née de la fusion entre la Compagnie maritime d’affrètement de Jacques Saadé, spécialisée dans les conteneurs, et la Compagnie générale maritime, elle-même issue en 1977 de la fusion des Messageries maritimes et de la Transat (Compagnie générale transatlantique), et privatisée en 1996; le siège occupe une audacieuse tour à Arenc au sein de l’opération Euroméditerranée. Marseille est également le siège de la SNCM (Société nationale maritime Corse-Méditerranée), née en 1976 de la CGM alors nationalisée) qui assure les échanges avec la Corse. Les quartiers de Marseille et de Martigues rassemblent environ 300 bateaux de pêche, dont quelques chalutiers, et 650 marins pêcheurs. Le GPMM accueille également diverses institutions de formation et d’étude, notamment l’Institut de Formation et d’Échanges portuaires (IFEP) et l’Institut des transports internationaux et des ports (ITIP). L’ensemble représente 16 000 emplois à Marseille (Bassins Est) et 24 000 à Fos-Berre (Bassins Ouest).